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田暉:自研芯片,安序源要做“不止于四代”測(cè)序儀

近年來(lái),由于測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,越來(lái)越多與疾病相關(guān)的基因得到確認(rèn),作為精準(zhǔn)醫(yī)療的核心技術(shù),測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于產(chǎn)前篩查、遺傳病診斷、腫瘤診斷與治療等方面,尤其在攻克腫瘤這一難題前,基因測(cè)序給腫瘤的預(yù)防和治療提供了全新的思路。


但是從產(chǎn)業(yè)鏈角度來(lái)看,情況不容樂觀,測(cè)序儀的研發(fā)與生產(chǎn)壟斷在少數(shù)幾個(gè)大廠手中,測(cè)序巨頭 Illumina 更是占據(jù)了 70% 以上的市場(chǎng)份額,極高的行業(yè)壁壘,成為其它測(cè)序企業(yè)的發(fā)展障礙。所以當(dāng)前狀況下,突破二代測(cè)序儀的瓶頸成為測(cè)序公司制勝的關(guān)鍵,包括讀長(zhǎng)、準(zhǔn)確度、精度、成本等。


四代測(cè)序則在不斷更迭的技術(shù)革新中蓄勢(shì)待發(fā)。


作為國(guó)內(nèi)少有的布局四代測(cè)序儀的公司,生輝關(guān)注到安序源生物科技有限公司(以下簡(jiǎn)稱 “安序源”)的四代測(cè)序儀樣機(jī)近期亮相于深圳的一場(chǎng)展會(huì),借此機(jī)會(huì),生輝和安序源的聯(lián)合創(chuàng)始人兼首席執(zhí)行官田暉博士進(jìn)行了交流。


田暉博士

圖 | 田暉博士(來(lái)源:受訪人提供)


田暉告訴生輝,“安序源的四代測(cè)序儀與牛津納米孔或其他公司相比區(qū)別較大。我們?cè)诒3旨{米孔測(cè)序長(zhǎng)讀長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)的基礎(chǔ)上引入了酶促反應(yīng),用于生成可辨識(shí)度高的單堿基信號(hào)。相比傳統(tǒng)納米孔測(cè)序直接讀取待測(cè)核酸序列,這個(gè)技術(shù)路線具有幾個(gè)重大優(yōu)勢(shì):首先,所采集信號(hào)來(lái)源大大簡(jiǎn)化,是真正意義上的單堿基識(shí)別,提高了檢測(cè)信噪比;第二,搭配不同的樣品制備方法可以實(shí)現(xiàn)對(duì)同一個(gè)待測(cè) DNA 模板的多次測(cè)序,開啟可控的高精度測(cè)量模式;此外,測(cè)量對(duì)象與 DNA 序列分離,突破傳統(tǒng)直流電壓驅(qū)動(dòng)的限制,可以設(shè)計(jì)更靈敏更快速的極微小驅(qū)動(dòng)及檢測(cè)單元來(lái)提高精度和擴(kuò)大通量。我們實(shí)現(xiàn)這個(gè)技術(shù)路線的核心測(cè)量部件 —— 生物芯片具有的檢測(cè)單元數(shù)目超過(guò)同行幾個(gè)數(shù)量級(jí),在單次加載 DNA 讀數(shù)通量上領(lǐng)先市場(chǎng)。而且芯片是在已量產(chǎn)成熟的先進(jìn)半導(dǎo)體工藝上設(shè)計(jì)并生產(chǎn)的,比其他公司采用的特制化芯片價(jià)格更低廉?!?


這意味著安序源的單芯片單次上樣即可實(shí)現(xiàn)高通量并行測(cè)序,提高測(cè)序深度和精度,而測(cè)序成本卻幾何級(jí)數(shù)下降。”他補(bǔ)充說(shuō)。


同時(shí)他也提到,降低成本和提高準(zhǔn)確度之后,四代測(cè)序會(huì)很快迎來(lái)應(yīng)用爆發(fā)期。


生物芯片是底層技術(shù)


高靈敏度高通量低成本的半導(dǎo)體生物芯片是安序源的核心技術(shù)。生物芯片根據(jù)生物分子間特異相互作用的原理,將生化分析過(guò)程集成于芯片表面,從而實(shí)現(xiàn)對(duì) DNA、蛋白質(zhì)等其它成分的高通量快速檢測(cè),目前生物芯片的商業(yè)化應(yīng)用主要是快速多病毒聯(lián)檢、體外診斷、測(cè)序等。


2000 年,從斯坦福大學(xué)博士畢業(yè)后,田暉進(jìn)入半導(dǎo)體領(lǐng)域,為相機(jī)制造 CMOS 圖像傳感器。CMOS 圖像傳感器本質(zhì)上是一種集成電路芯片,可以將光信號(hào)轉(zhuǎn)變?yōu)殡娦盘?hào),用于手機(jī)、相機(jī)、攝像機(jī)、監(jiān)控等產(chǎn)品。


2013 年,田暉進(jìn)入一家名為 Genia 的公司,進(jìn)入生物技術(shù)行業(yè),負(fù)責(zé)高通量、高靈敏度芯片的研發(fā)和量產(chǎn)。2014 年,Genia 被羅氏收購(gòu),田暉隨之進(jìn)入羅氏,擔(dān)任測(cè)序部副總裁。2016 年,田暉和聯(lián)合創(chuàng)始人 Igor Ivanov 創(chuàng)立了安序源。Igor Ivanov 同時(shí)擔(dān)任安序源的首席運(yùn)營(yíng)官,他曾在硅谷連續(xù)創(chuàng)辦幾家公司,其中一家成功在納斯達(dá)克上市,其余均被大公司收購(gòu),是一位成功的連續(xù)創(chuàng)業(yè)者。


Igor Ivanov 博士

圖 | Igor Ivanov 博士(來(lái)源:受訪人提供)


問及為何要從半導(dǎo)體行業(yè)轉(zhuǎn)向生物行業(yè),田暉告訴生輝,“基因測(cè)序能直接影響生命,而且有一個(gè)更廣闊的市場(chǎng);測(cè)序技術(shù)是生命科學(xué)的底層技術(shù),可以應(yīng)用在很多方面;從半導(dǎo)體角度來(lái)說(shuō),打開了一個(gè)新的技術(shù)的應(yīng)用點(diǎn);從生命科學(xué)的角度來(lái)說(shuō),帶來(lái)了新的技術(shù)平臺(tái)?!碧飼熣J(rèn)為自己是幸運(yùn)的,因?yàn)樽铋_始接觸的就是測(cè)序。


但是這一過(guò)程歷經(jīng)波折。


中國(guó)生物芯片研究起步較晚,始于 1997-1998 年,隨著生命科學(xué)的發(fā)展,生物芯片的研發(fā)才慢慢升溫。但是制作芯片的工藝流程復(fù)雜,對(duì)于環(huán)境的要求極高,所需的機(jī)器先進(jìn)且昂貴。田暉也感慨道,“一般的公司是不可能自己來(lái)做半導(dǎo)體工藝的,因?yàn)樘F了,必須和半導(dǎo)體大廠合作”。


幾經(jīng)周折,安序源和以色列芯片巨頭高塔半導(dǎo)體達(dá)成合作,由高塔半導(dǎo)體為其開發(fā)了一套工藝?!芭c半導(dǎo)體大廠合作的門檻在于產(chǎn)量,小量訂單大廠是不接的,因?yàn)楣に囬_發(fā)有很高的機(jī)會(huì)成本,而且只有通過(guò)大規(guī)模量產(chǎn)才能收回。我們?cè)诔跗诘挠唵瘟科鋵?shí)很小,但是高塔半導(dǎo)體看到高通量生物芯片代表了未來(lái)半導(dǎo)體應(yīng)用的一個(gè)重要方向,我們的芯片需求量在不久的將來(lái)會(huì)呈指數(shù)級(jí)增長(zhǎng),而且他們也希望能為精準(zhǔn)醫(yī)療做些貢獻(xiàn),所以跟我們達(dá)成合作。有了這套工藝,我們也真正實(shí)現(xiàn)了高通量生物芯片的量產(chǎn)?!?田暉補(bǔ)充道,“高通量芯片搭載微流控部件才能實(shí)現(xiàn)整個(gè)測(cè)序流程。而且我們?cè)谝婚_始就是按照全流程自動(dòng)化進(jìn)行設(shè)計(jì)的,因此,微流控部件涉及的功能較多,過(guò)程復(fù)雜,我們花費(fèi)了很多時(shí)間來(lái)找到技術(shù)上能滿足要求,并且能量產(chǎn)的合作伙伴?!?


目前,安序源和牛津納米孔一樣,使用的都是集成電路生物芯片。但不同于牛津納米孔特殊工藝制作的千級(jí)通道芯片,安序源的芯片設(shè)計(jì)策略從一開始就適應(yīng)高通量產(chǎn)品要求,在單次加載 DNA 讀數(shù)通量上遙遙領(lǐng)先市場(chǎng)。而且安序源技術(shù)基于傳統(tǒng)成熟半導(dǎo)體工藝,而非特殊定制化,已實(shí)現(xiàn)大規(guī)模量產(chǎn),有效控制了成本。田暉表示,傳統(tǒng)集成電路芯片工藝需經(jīng)過(guò)改造才能實(shí)現(xiàn)生物芯片的量產(chǎn),因?yàn)樯镄酒枰邴}溶液環(huán)境工作。改造的步驟涉及微陣列結(jié)構(gòu)蝕刻,特殊金屬材料鍍層工藝,表面物化性質(zhì)優(yōu)化等。雖然改造過(guò)程比較復(fù)雜,但是改造成功后,成本非常低。


安序源生物芯片

圖 | 安序源生物芯片(來(lái)源:公司官網(wǎng))


據(jù)田暉透露,安序源依托生物芯片不僅開發(fā)了四代測(cè)序儀,也將應(yīng)用擴(kuò)展到多種病毒聯(lián)檢、慢病監(jiān)測(cè)管理、輔助制藥研發(fā)等領(lǐng)域,并且已經(jīng)開始商業(yè)化。目前已有正在試用的研發(fā)伙伴和達(dá)成合作的客戶。


不止于四代


“利用高通量集成電路生物芯片這一底層技術(shù),結(jié)合微流控、創(chuàng)新的生物化學(xué)、合成化學(xué)技術(shù),我們要做一系列跨學(xué)科創(chuàng)新產(chǎn)品?!?田暉說(shuō)道。測(cè)序儀是安序源主打的跨學(xué)科應(yīng)用產(chǎn)品,它涵蓋蛋白工程、生物芯片、電子電路、人工智能等多個(gè)交叉學(xué)科。


測(cè)序儀的不斷更迭也是市場(chǎng)升級(jí)的過(guò)程,從研發(fā)向臨床的一個(gè)方向。在這個(gè)過(guò)程中,需要同時(shí)實(shí)現(xiàn)低成本、快速、小型化、長(zhǎng)讀長(zhǎng)、無(wú)結(jié)構(gòu)性誤差。田暉表示,四代在小型化、速度和讀長(zhǎng)方面已經(jīng)很不錯(cuò)了,但是主要問題還是成本較高、準(zhǔn)確率不夠。


如何實(shí)現(xiàn)這五大指標(biāo),田暉也給出了自己的答案。首先要降低成本,通過(guò)提高同時(shí)檢測(cè) DNA 的通道數(shù),和使用比較通用的、大規(guī)模量產(chǎn)的 CMOS 工藝生產(chǎn)的芯片;其次精度方面,不應(yīng)局限于納米孔直接物理測(cè)序的方法,還可以借鑒以前做的很成功的生物化學(xué)流程。


“只有超越現(xiàn)有四代測(cè)序的水平,才可能完成大范圍取代二代,完成測(cè)序行業(yè)的升級(jí)換代。所以,目前市場(chǎng)上四代測(cè)序產(chǎn)品應(yīng)該是我們的起點(diǎn),而不是終極目標(biāo)。只有做到超過(guò)當(dāng)前四代測(cè)序產(chǎn)品的通道數(shù)和精度,才能具有市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力”。


據(jù)悉,安序源的四代測(cè)序儀是在納米孔的基礎(chǔ)上,結(jié)合了生物材料,包括生物酶等,以此來(lái)提高測(cè)序儀的容錯(cuò)率。田暉解釋道,“單獨(dú)使用未經(jīng)修飾的納米孔直接測(cè)序經(jīng)常被認(rèn)為是一種物理測(cè)序方式,它容易受到布朗運(yùn)動(dòng)等過(guò)程的影響,導(dǎo)致測(cè)序的準(zhǔn)確度降低。我們?cè)诩{米孔的基礎(chǔ)上加上了比較成熟的、經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的生化部件之后,在很大程度上突破了這類物理測(cè)序本身的局限?!?


2019 年,安序源的生物芯片已發(fā)展成熟,并發(fā)布了第一款測(cè)序儀。但在后期運(yùn)行調(diào)試過(guò)程中發(fā)現(xiàn),儀器的機(jī)械和液路部分經(jīng)常出現(xiàn)問題。田暉解釋道,“生物芯片的功能實(shí)現(xiàn)需要儀器的支持,包括電學(xué)、機(jī)械、液路三個(gè)方面,缺一不可。” 所以在今年年初,安序源美國(guó)研發(fā)中心重新設(shè)計(jì)了最重要的芯片 / 儀器接口部分,10 月份開始,已在中國(guó)小批量生產(chǎn),進(jìn)行儀器調(diào)試驗(yàn)證,與合作方一起開發(fā)新的應(yīng)用。


安序源四代測(cè)序儀

圖 | 安序源四代測(cè)序儀(來(lái)源:受訪人提供)


測(cè)序是精準(zhǔn)醫(yī)療的基礎(chǔ),在微生物檢測(cè)、腫瘤、產(chǎn)前診斷等領(lǐng)域都有應(yīng)用。在田暉看來(lái),四代的測(cè)序成本和精度超過(guò)二代之后,不僅可以搶占現(xiàn)有的測(cè)序市場(chǎng),還可以打開一個(gè)更大規(guī)模、更廣泛的應(yīng)用空間。測(cè)序儀智能自動(dòng)小型化后,除了可以用于人類疾病早篩外,還可以檢測(cè)環(huán)境中的微生物和環(huán)境中食品的污染,甚至每家每戶都可以擁有一個(gè)家用型的測(cè)序儀,這將是一個(gè) to C 的市場(chǎng)。


目前,安序源在中美兩地布局有研發(fā)中心。田暉告訴生輝,在美國(guó)的研發(fā)達(dá)到一定規(guī)模,比較成熟后,會(huì)轉(zhuǎn)到中國(guó)做生產(chǎn)和應(yīng)用開發(fā),“未來(lái),美國(guó)主要是做前端的研發(fā),同時(shí)會(huì)逐漸將美國(guó)的研發(fā)轉(zhuǎn)移回中國(guó),未來(lái)一兩年的重點(diǎn)是在中國(guó)把產(chǎn)品化做出來(lái),也會(huì)大幅度提高在中國(guó)的研發(fā)能力?!?


談及近期的發(fā)展計(jì)劃,田暉表示,首先要和合作對(duì)象共同調(diào)試測(cè)序儀,優(yōu)化流程,開發(fā)更多的應(yīng)用;其次,今年將完成 GMP 廠房建設(shè),用于試劑、微流芯片及儀器的生產(chǎn);最后,要擴(kuò)建團(tuán)隊(duì),以此支撐多產(chǎn)線的研發(fā)與量產(chǎn)。目前,安序源在中美兩國(guó)有數(shù)十人的核心全職團(tuán)隊(duì),每個(gè)專業(yè)領(lǐng)域有帶頭人負(fù)責(zé)統(tǒng)籌規(guī)劃以及與其他部門對(duì)接,并大量外包具體工作,“我們的核心團(tuán)隊(duì)成員都是獨(dú)當(dāng)一面的行業(yè)精英,精簡(jiǎn)的人員和扁平化的公司結(jié)構(gòu)不僅節(jié)約成本,還能使效率最大化。而將部分研發(fā)與生產(chǎn)外包,我們得以借力,省時(shí)省力而且拓寬了團(tuán)隊(duì)的研發(fā)范圍”。


據(jù)了解,自成立以來(lái),安序源已完成 2 輪累計(jì)數(shù)千萬(wàn)美元的融資,投資方包括華潤(rùn)、力合、 松禾、聚明、清源等。田暉也向生輝透露目前正在新一輪融資中。


采訪的最后,田暉告訴生輝,“我們不僅要做測(cè)序儀,也希望安序源能夠成為大健康產(chǎn)業(yè)的一個(gè)工具平臺(tái),通過(guò)半導(dǎo)體、生物芯片、微流控等高科技,為精準(zhǔn)醫(yī)療和新型制藥、檢測(cè)行業(yè)提供高通量的篩查設(shè)備,也可以提供底層技術(shù)支持?!?

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