當(dāng)前這場(chǎng)與時(shí)間賽跑的新型冠狀病毒肺炎(Covid-19,以下簡(jiǎn)稱(chēng):新冠病毒)世界“戰(zhàn)疫”,激發(fā)了全球科技公司的努力和協(xié)作。
2020年3月21日,美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(Food and Drug Administration, FDA)緊急授權(quán)加利福尼亞Cepheid公司銷(xiāo)售一種快速檢測(cè)新冠病毒的新方法。Cepheid由Kurt Petersen、Allen Northrup等人創(chuàng)立于1996年,以其將基于微流控芯片的聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)分析設(shè)備商業(yè)化而在MEMS領(lǐng)域聞名于世。對(duì)于Cepheid來(lái)說(shuō),這已經(jīng)不是其第一次迅速應(yīng)對(duì)生物(病毒/細(xì)菌)威脅。在2001年美國(guó)發(fā)生炭疽恐怖襲擊之后,Cepheid便率先向美國(guó)郵政(U.S. Postal Service)提供了一種快速檢測(cè)炭疽的方案,并且至今仍在使用。
目前所有新冠病毒測(cè)試方案的核心都是實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(實(shí)時(shí)RT-PCR)分析技術(shù)。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),實(shí)時(shí)RT-PCR利用熱循環(huán)擴(kuò)增患者拭子樣本中存在的DNA,然后通過(guò)熒光檢測(cè)來(lái)搜尋病毒的特定基因組。
因此,這種測(cè)試首先需要了解病毒的基因組。中國(guó)科學(xué)家于2020年1月10日首次發(fā)表了對(duì)新冠病毒完整基因組測(cè)序的關(guān)鍵工作。病毒基因組確定了以后,一支德國(guó)研究小組僅花了7天時(shí)間便發(fā)布了第一個(gè)也是目前世界衛(wèi)生組織(WHO)正在采用的用于測(cè)試患者樣本的檢測(cè)方法?,F(xiàn)在還有其它可能更快、更經(jīng)濟(jì)的病毒檢測(cè)方法正在研究,例如抗體檢測(cè)或CRISPR-Cas13檢測(cè)等。
傳統(tǒng)PCR需要數(shù)小時(shí)才能完成熱循環(huán)并得到檢測(cè)結(jié)果。此外,由于患者拭子樣本中的病毒載量可能較低,限制了DNA擴(kuò)增,從而有可能導(dǎo)致大量假陰性。在應(yīng)對(duì)傳染性疾病暴發(fā)時(shí),測(cè)試必須又快(理想的是在患者等待的幾分鐘內(nèi)就能完成)又準(zhǔn)確,以防止陽(yáng)性患者被漏檢,為其它健康人群帶來(lái)不必要的風(fēng)險(xiǎn)。
MEMS技術(shù)可以為PCR提供兩個(gè)重要優(yōu)勢(shì):縮小尺寸,以及微流控集成。MEMS加熱器和反應(yīng)腔室的熱質(zhì)量很小,因此可以顯著加速熱-冷循環(huán),并在數(shù)分鐘內(nèi)迅速得到檢測(cè)結(jié)果。這種用于樣本和試劑處理的微流控集成已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了大規(guī)模應(yīng)用的新技術(shù),例如數(shù)字PCR(dPCR)。
數(shù)字PCR方法利用微流體通道將患者的樣本分成很多微孔陣列或微滴乳液(后者稱(chēng)為液滴數(shù)字PCR或ddPCR),獲得多個(gè)單獨(dú)的樣本。然后,對(duì)這些微量樣本進(jìn)行并行PCR處理,聚合后獲得樣本中目標(biāo)分子的總數(shù)。這種微觀(guān)并行處理顯著提高了檢測(cè)下限,從而提高了測(cè)試結(jié)果的準(zhǔn)確性。
用于數(shù)字PCR的微流控腔室陣列
在2020年3月6日發(fā)表的一項(xiàng)由湖北自然科學(xué)基金資助的研究中,證明了與傳統(tǒng)PCR相比,基于MEMS和微流控的PCR技術(shù)在檢測(cè)新冠病毒中的優(yōu)勢(shì)。在這項(xiàng)研究中,液滴數(shù)字PCR(ddPCR)和傳統(tǒng)PCR一起用于測(cè)試患者樣本。初步研究的結(jié)果表明(尚待進(jìn)一步臨床驗(yàn)證),ddPCR的新冠病毒檢測(cè)閾值比傳統(tǒng)PCR閾值低500倍。這一結(jié)果意味著,在患者樣本中病毒載量可能較低的情況下,與傳統(tǒng)PCR相比,ddPCR更有可能準(zhǔn)確檢測(cè)出陽(yáng)性患者。
MEMS PCR芯片的開(kāi)發(fā)始于1990年代初。勞倫斯利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室(Lawrence Livermore National Laboratory)的Allen Northrup研究小組于1993年發(fā)表了第一篇有關(guān)硅基PCR芯片的論文,該芯片最終于1996年許可給了Cepheid。數(shù)十年來(lái),有關(guān)如何利用MEMS材料和方法制造新穎PCR芯片以及由硅、玻璃甚至塑料基材制成微型整體分析系統(tǒng)(uTAS)的研究一直在持續(xù)進(jìn)行。
Northrup等人在勞倫斯利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的第一款MEMS硅基PCR芯片(左),后來(lái)許可給了Cepheid;現(xiàn)在的Cepheid測(cè)試盒(右)(來(lái)源:Northrup MA, Ching MT, White RM, Watson RT, “DNA amplification in a microfabricated reaction chamber,” Transducers 1993, Yokohama, Japan. pp. 924–926.)
據(jù)麥姆斯咨詢(xún)報(bào)道,現(xiàn)在,學(xué)術(shù)研究人員正致力于利用微加工方法開(kāi)發(fā)高度集成的低成本系統(tǒng),特別是針對(duì)即時(shí)檢測(cè)應(yīng)用。韓國(guó)電子通訊研究院(ETRI)和Genesystem的一支研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種低成本的手持式PCR原型系統(tǒng),該系統(tǒng)具有聚酰亞胺腔室和微型加熱器以及用于結(jié)果光學(xué)讀出的集成CMOS圖像傳感器。
便攜式PCR原型剖面示意圖(左),包括腔室、加熱模塊和集成CMOS圖像傳感器;以及集成測(cè)試盒(右)(來(lái)源:DS Lee, OR Choi, and YJ Seo, “A Handheld and Battery-Powered Realtime Microfluidic PCR Amplification Device,” Transducers 2019, Berlin, Germany pp. 1063-1065.)
這場(chǎng)與時(shí)間賽跑的新冠病毒“戰(zhàn)疫”激發(fā)了全球科技公司的努力和協(xié)作??偛课挥诜▏?guó)的Stilla Technologies是晶體數(shù)字PCR的先驅(qū),已經(jīng)與中國(guó)廠(chǎng)商合作為河南鄭州市及信陽(yáng)市提供Naica數(shù)字PCR系統(tǒng),以幫助當(dāng)?shù)馗玫貦z測(cè)新型冠狀病毒,并監(jiān)測(cè)其突變。在美國(guó),總部位于加利福尼亞的Bio-Rad于2020年3月19日宣布,與使用qPCR進(jìn)行的現(xiàn)有測(cè)試方法相比,其QX200液滴數(shù)字PCR系統(tǒng)對(duì)新冠病毒的臨床檢測(cè)具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確度。遵照美國(guó)FDA醫(yī)療產(chǎn)品緊急使用授權(quán)(EUA),Bio-Rad正在與科羅拉多州的Biodesix合作,致力于將ddPCR測(cè)試用于新冠病毒檢測(cè)。
此外,在汽車(chē)和智能手機(jī)MEMS傳感器領(lǐng)域廣為人知的德國(guó)博世(Bosch),也在近日宣布開(kāi)發(fā)出針對(duì)新冠病毒的快速檢測(cè)方案,可以在2.5小時(shí)內(nèi)出診斷結(jié)果,且不需要送到實(shí)驗(yàn)室。這種快速分子診斷檢測(cè)將搭載在博世醫(yī)療健康解決方案業(yè)務(wù)部(Bosch Healthcare Solutions)開(kāi)發(fā)的Vivalytic分析儀上進(jìn)行。
Vivalytic分析儀和測(cè)試盒將于2020年4月開(kāi)始在德國(guó)投入使用,隨后在歐洲和全球其他地區(qū)相繼推出
韓國(guó)通過(guò)快速發(fā)動(dòng)其生物技術(shù)公司進(jìn)行更廣泛的測(cè)試,助其更好地確定新冠病毒疫情,并實(shí)施有效的控制措施。希望Cepheid及其它科技公司現(xiàn)在提供的快速檢測(cè)方法在這場(chǎng)全球“戰(zhàn)疫”中同樣有效?;赟ARS、MERS以及目前新冠病毒的連續(xù)流行,似乎可以肯定的一件事是,快速PCR是應(yīng)對(duì)病毒大爆發(fā)的一種重要醫(yī)療工具。隨著全球范圍內(nèi)以降低成本、提高速度和準(zhǔn)確性為目的的持續(xù)研發(fā),我們或能期待在每個(gè)醫(yī)生辦公室中都可以配備一臺(tái)利用MEMS技術(shù)增強(qiáng)的PCR。